Trzon systemu tworzy współdziałanie trzech instytucji, odpowiedzialnych za prawidłowe wdrażanie Programu w zgodzie z prawodawstwem unijnym i krajowymi systemami prawnymi. Tymi instytucjami są:

Poniższy schemat przedstawia współdziałanie wymienionych wyżej instytucji w ramach Programu: