Trzon systemu tworzy współdziałanie trzech instytucji, odpowiedzialnych za prawidłowe wdrażanie Programu w zgodzie z prawodawstwem unijnym i krajowymi systemami prawnymi. Tymi instytucjami są:
- Komitet Monitorujący
- Instytucja Zarządzająca
- Koordynator Krajowy
- Wspólny Sekretariat
- Regionalny Punkt Kontaktowy
- Jednostka kontraktująco-wypłacająca
- Instytucja Audytowa
- Kontrolerzy zgodnie z art.23